La vegetación predominante es la típica mediterránea: amplios pinares piñoneros de repoblación al norte, matorral, encinar degradado en el centro y sur, y plantaciones agrícolas al sur (viñedos, olivos y huertas). Todo ello conforma un paisaje altamente sugestivo.
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Las masas forestales se encuentran distribuidas en casi todo el sector oeste y en la ribera del Alberche. El encinar suele venir acompañado de otras especies vegetales como el enebro. También se forman amplias zonas de matorral (romero, jara, tomillo, lavanda) y numerosos arbustos de leguminosas como la retama blanca en zonas bajas o la retama negra en altitudes superiores.
Un interesante cortejo florístico acompaña al encinar: la coscoja, la botonera, el torvisco, la esparraguera y el poleo, entre otras.
El Parque forestal del Gurugú es uno de los enclaves naturales más significativos del municipio. En él conviven pinos, enebros, encinas y un sotobosque en el que destacan el tomillo y la jara. Su parte más elevada que se encuentra a 611 metros de altitud, ofrece una vista inmejorable del casco urbano, de las vegas al sur y de municipios próximos como Aldea del Fresno, Navalcarnero o Villamanta.
Al norte del término municipal se encuentra un extenso pinar de pino piñonero en una zona conocida como el Cuartel del Norte.
El río Alberche
Este río rodea el término municipal de Villa del Prado por el este y el sur separándolo de la provincia de Toledo. Este río nace en la vertiente septentrional de la Sierra de Gredos, atraviesa la provincia de Ávila, entra en Madrid, para internarse en la provincia de Toledo, y después de recorrer 177 kilómetros desemboca en el Tajo, cerca de Talavera de la Reina.
El río Alberche, además de ser un elemento fundamental en la economía de la localidad (su aporte de agua es vital para el mantenimiento de la huerta pradeña) es con sus playas, una de las opciones de entretenimiento más refrescantes en los meses estivales.
En sus márgenes encontramos gran variedad de especies con extensos bosques de alisos, álamos negros, fresnos, sauces, carrizos y espadañas.
Ocasionalmente y debido a sus crecidas, el río Alberche inunda parcialmente la Ermita de Nuestra Señora de la Poveda situada en las proximidades. Se dice entonces que el río visita a la Virgen ya que fue en sus aguas donde apareció flotando la imagen que hoy se conserva en la ermita.
Además del río, Villa del Prado goza de abundantes fuentes o manantiales como Valdegatos, El Liseo, Picañejo, El Rehoyo, el Turco, la Florida, Pelegrín y Charco Frío.